主角有馬拓也為一個無所事事的高中生，他父親是歷史學家，卻在研究時失蹤，留下他與繼母兩人相依為命。暑假時主角收到父親寄來的包裹，里面有一個羅盤和三顆水晶珠，以及一封寫著「時間是可逆的，歷史是不可逆的」云云以及一些關于平行世界概念的信，并交待主角晚上去當地有名的地標劍之岬去見一個人。拓也晚上如約來到劍之岬，發現自己的繼母亞由美和父親研究夥伴龍藏寺幸三都在場。原本和藹的龍藏寺突然翻臉要有馬把收到的郵包交出來，并拔出槍來威脅他，千鈞一發之際，一道閃電落下劈在了神社的御神石上，拓也就此暈去。等拓也甦醒過來周圍已經旁無一人，回家睡了一覺后才發現不對勁。繼母和龍藏寺完全不記得昨晚發生的事情，此時他才發現原來父親寄給他的遺物是可以讓人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他為了找到父親真正的下落展開了一系列調查。