故事描述女主角小櫻（木之本櫻）與男朋友小狼（李小狼）和其他同學從小學畢業后升上初中的故事。在一次小櫻做夢夢到53張櫻之卡上面的圖案都消失了，一名神秘人物出現之后庫洛牌都碎掉了，小櫻從這個夢醒來翻開封印之書發現庫洛牌都變成透明的了!在與知世、小狼和艾力歐的討論下，小櫻重新踏上了收集透明牌的故事。